2000年，地球上近一半的人类在被称为“第二次冲击”的大灾难中丧生，世界各国一片混乱。十五年后，人类重建了佳园，而未知的巨型生物“使徒”却不断到来。14岁的年轻女孩在父亲的召唤下从避灾区来到第三新东京市。进入后不久，她就被卷入了军队和使徒之间的战斗。危机时刻，一个美丽的女人救了她的真女孩。美丽是葛城美里独一无二的行政机关NERV大臣。葛城把真嗣带到了他的爸爸——NERV司令的元渡面前。看到久别重逢的孩子，元渡没有一句温柔的问候，而是指示他立即坐在巨大的机器人武器装备EVA初号机的秘密研发中，攻击并击败使徒。不爱说话又胆小的真嗣对爸爸的不讲情面，不愿意进攻。可是，当他看见美少女司机绫波丽身受重伤，又不得不坚持不懈地出战时，心里不忍心，于是凑合着登上了EVA。从来没有受过训练的真嗣第一次进攻，可他所面对的是一场生命危险的对决。掌管世界生命运的少年将如何战斗？而且“第二次冲击”背后的“人类补充计划”背后的真相究竟是什么？