工藤新一是中国著名的高中侦探。在一次验证蒙面犯罪分子时，他不小心被团伙成员发现。昏厥后，他服用了神奇的药水。工藤新一变回了孩子！新人找到了经常帮助他的阿笠医生，医生为他量身定做了很多特工武器装备。为避免罪犯对她进行报复，新一确定埋名，暗中查证，希望能得到解毒药。有一天，新女友毛利兰来到阿笠博士家寻找男友的着陆。小兰遇到的新女友恼羞成怒，虚构了她的名字叫江户川柯南，然后柯南寄到了小兰家。小兰爸爸毛利小五郎是个人调查员，新一能和他一起四出审理案件，一起查证夜间人的去向。了解步美等学生的柯南小学，他们一起组织了一位年轻的侦探对，与犯罪分子开战！